Beneficiul pe termen lung a Terapiei Transfer  Microbiota  pe simptomele autismului și microbiota intestinală

Logo-ul lui scirep

About Editorial Board For Authors Scientific Reports
Sci Rep . 2019; 9: 5821.
Publicat online 2019 aprilie 9. doi: 10.1038 / s41598-019-42183-0
PMCID: PMC6456593
PMID: 30967657

Dae-Wook Kang , 1, 2, 8 James B. Adams , 3 Devon M. Coleman , 3 Elena L. Pollard , 3 Juan Maldonado , 1, 2 Sharon McDonough-Means , 4 J. Gregory Caporaso , 5, 6 și Rosa Krajmalnik-Brown autorul corespunzator 1, 2, 7

Abstract

Multe studii au raportat microbiota intestinală anormală la persoanele cu tulburări ale spectrului de autism (ASD), sugerând o legătură între microbiomul intestinal și comportamentele asemănătoare autismului. Modificarea microbiomului intestinal este o cale potențială de îmbunătățire a simptomelor gastrointestinale (GI) și a simptomelor de comportament la copiii cu TSA, iar transplantul de microbiota fecală ar putea transforma microbiomul intestinului disbiotic spre unul sănătos, furnizând un număr mare de microbi comensali de la un donator sănătos. Anterior am efectuat un studiu open-label al Microbiota Transfer Therapy (MTT) care a combinat antibiotice, o curățare a intestinului, un supresor de acizii stomacului și un transplant de microbiota fecală și am observat îmbunătățiri semnificative ale simptomelor GI, simptomelor legate de autism și microbiotei intestinale. . Aici, raportăm despre o monitorizare cu aceiași 18 participanți, la doi ani de la finalizarea tratamentului. În special, majoritatea îmbunătățirilor simptomelor GI au fost menținute, iar simptomele legate de autism s-au îmbunătățit și mai mult după încheierea tratamentului. Modificările importante ale microbiotei intestinale la sfârșitul tratamentului au rămas la urmărire, incluzând creșteri semnificative ale diversității bacteriene și a abundențelor relative de Bifidobacterii și Prevotella . Observațiile noastre demonstrează siguranța și eficacitatea pe termen lung a MTT ca o terapie potențială pentru tratarea copiilor cu TSA care au probleme cu IG și garantează un viitor dublu orb, controlat cu placebo.

Introducere

Intestinul uman și creierul interacționează în moduri complexe, iar condițiile anormale din intestin pot predispune indivizii la tulburări neurodezvoltate 1 , 2 . Persoanele cu tulburări ale spectrului de autism (ASD) 3 , boala Parkinson 4 și boala Alzheimer 5 , de exemplu, au fost cunoscute pentru a prezenta simptome gastrointestinale cronice (GI) ca o afecțiune medicală comună, care sugerează prezența unui creier intestinal. axă. Hallmayer și colab . 6 au investigat 192 de perechi gemene și au constatat că atât factorii genetici, cât și cei de mediu contribuie la etiologia TSA. Microbiomul intestinal reprezintă un factor de mediu important care poate exercita o influență asupra simptomelor, iar un număr tot mai mare de grupuri de cercetare au observat că copiii cu TSA au microbiomi intestinali distinctivi în comparație cu copiii 7 – 11 . Mai mult, studii multiple efectuate pe șoareci au raportat că microbii intestinali și metaboliții lor pot afecta comportamentul prin axa intestin-creier, inclusiv pentru ASD 12 – 14 .

Tratamentele eficiente pentru ASD includ terapia comportamentală, vorbirea și terapia socială și tratamente dietetice / nutriționale / medicale, dar nu a fost aprobat niciun tratament medical pentru a trata simptomele de bază ale ASD 15 , cum ar fi dificultățile de comunicare socială și comportamentele repetitive. Având în vedere legătura dintre intestin și creier, modularea microbiomului intestinal prin antibiotice, probiotice, prebiotice și / sau transplant de microbiote fecale (FMT) ar putea fi o opțiune terapeutică viabilă. În FMT, o mare diversitate și un număr mare de microbi comensali de la un donator sănătos sunt folosiți pentru a transforma un microbiom intestinal disbiotic într-un microbiom sănătos. De fapt, FMT este cea mai eficientă terapie pentru a trata infecția recurentă cu Clostridium difficile 16 și a arătat niveluri diferite de succes pentru tratarea altor tulburări de GI 17 , ceea ce a atras atenția asupra metodei de utilizare dincolo de tulburările asociate cu GI 18 . Anterior, am efectuat un studiu de pionierat modificat cu etichetă deschisă cu FMT, cu o combinație intensivă numită Microbial Transfer Therapy (MTT) constând dintr-un tratament cu două săptămâni cu vancomicină, urmat de o curățare a intestinului și apoi de doză mare de FMT timp de 1-2 zile și 7–8. săptămâni de doze zilnice de întreținere, împreună cu un supresor de stomac, administrate copiilor cu ASD și cu probleme gastrointestinale cronice 19 . După acest tratament MTT de 10 săptămâni și o perioadă de observare de opt săptămâni (în total 18 săptămâni), am observat o reducere de 80% a simptomelor GI și o îmbunătățire lentă, dar constantă a simptomelor ASD de bază. În același timp, am aflat că diversitatea microbiană intestinală, inclusiv microbii potențial benefici, a crescut semnificativ după MTT 19 . Doi ani de la finalizarea acestui studiu clinic inițial, am reevaluat participanții pentru a determina dacă au persistat îmbunătățiri ale comportamentului și simptomelor GI și pentru a stabili impactul pe termen lung al MTT asupra microbiomului intestinal al participanților la studiu.

Rezultate si discutii

Îmbunătățirile simptomelor GI și ASD au rămas la doi ani de la oprirea MTT

Doi ani de la finalizarea MTT, am invitat cei 18 subiecți originali din grupul nostru de tratament să participe la un studiu de urmărire și toți au dat consimțământul informat. Am efectuat aceleași teste de GI și comportament pe care le-am folosit anterior 19 . 12 din 18 participanți au adus unele modificări medicamentelor, dietei sau suplimentelor nutritive, dar aceste modificări au fost bine documentate și au fost în mare parte minore (Tabelul suplimentar S1 ). Observăm că, datorită naturii etichetelor deschise ale acestui studiu inițial, toate evaluările sunt supuse efectului placebo, cu toate acestea îmbunătățirile pe termen lung pe care le-am observat aici sunt promițătoare. Doi ani după tratament, cei mai mulți participanți au raportat simptomele GI care au rămas îmbunătățite în comparație cu valoarea inițială (Fig. 1a și Fig. Suplimentară S1 ). Îmbunătățirea a fost, în medie, cu o reducere de 58% a Scalei de evaluare a simptomelor gastro-intestinale (GSRS) și o reducere de 26% în% zile de scaune anormale (Daily Stool Record sau DSR) în raport cu valoarea inițială, iar acest rezultat este similar cu cel observat la sfârșitul tratament. Ameliorarea simptomelor GI a fost observată pentru toate sub-categoriile de GSRS (dureri abdominale, indigestie, diaree și constipație, Fig. S2a suplimentar ), precum și pentru toate sub-categoriile de DSR (fără scaun, scaun dur și moale / scaun lichid, Fig. S2b suplimentar ), deși gradul de îmbunătățire a simptomului de indigestie (o subcategorie de GSRS) a fost redus după 2 ani, comparativ cu săptămânile 10 și 18. Această realizare este notabilă, deoarece toți cei 18 participanți au raportat că au avut a avut probleme cronice de GI (constipație cronică și / sau diaree) încă de la început, fără nicio perioadă de sănătate normală a GI (Tabelul suplimentar S2 ). În general, familiile au raportat că simptomele legate de ASD s-au îmbunătățit lent, constant începând cu săptămâna 18 a studiului de faza 1 și acest lucru a fost în concordanță cu datele raportate în Fig. 1b-f . Pe baza Scalei de Evaluare a Autismului la Copilă (CARS) evaluată de un evaluator profesionist, severitatea ASD la urmărirea pe doi ani a fost cu 47% mai mică decât valoarea inițială (Fig. 1b ), comparativ cu 23% mai mică la sfârșitul săptămânii. 10. La începutul studiului open-label, 83% dintre participanți au evaluat diagnosticul sever de ASD pe CARS (Fig. 2a ). La urmărirea de doi ani, doar 17% au fost considerate ca fiind severe, 39% au fost în intervalul ușor până la moderat și 44% dintre participanți au fost sub scorurile de reducere a diagnosticului ASD (Fig. 2a ). Evaluarea Scalei de Răspundere Socială (SRS) evaluată de părinți a relevat că 89% dintre participanți au fost în intervalul sever la începutul procesului, dar procentul a scăzut la 47% la urmărirea de doi ani (Fig. 2b ), cu 35% în intervalul ușor / moderat și cu 18% sub limita pentru ASD. Pentru lista de verificare a comportamentului Aberrant Behavior (ABC), scorurile totale au continuat să se îmbunătățească și au fost cu 35% mai mici față de valoarea inițială (față de 24% mai mici la sfârșitul tratamentului, în raport cu valoarea inițială; Fig. 1d ). Scorurile Parent Global Impressions-III (PGI-III) au rămas similare cu scorurile de la sfârșitul tratamentului (săptămâna 10) ale etichetei deschise (Fig. 1e ). Vârsta echivalentă Scala de comportament Vineland (VABS) echivalentă a continuat să se îmbunătățească (Fig. 1f ), deși nu la fel de rapid ca în timpul tratamentului, rezultând o creștere de 2,5 ani peste 2 ani, ceea ce este mult mai rapid decât cel tipic pentru populația de ASD, a cărei vârstă de dezvoltare a fost doar 49% din vârsta lor fizică la începutul acestui studiu. Mai mult, am observat o îmbunătățire a comportamentelor în majoritatea sub-categoriilor (Figurile suplimentare S2c, d și S3 pentru ABC, SRS și, respectiv, VABS).

Un fișier extern care conține o imagine, ilustrare etc. Numele obiectului este 41598_2019_42183_Fig1_HTML.jpg

Modificări ale simptomelor asociate GI și ASD la 18 copii cu ASD la urmărirea a doi ani după ce tratamentul s-a oprit. Asterisch-urile (în partea de sus a complotului cutiei) indică dacă indivizii (la fiecare punct de timp) s-au schimbat semnificativ de la pre-tratament (săptămâna 0 a studiului de faza 1 original). Pe baza testului de rang semnat Wilcoxon pe două cozi , ns indică faptul că nu este semnificativ, asteriscul unic indică p <0,05, asteriscurile duble indică p <0,01, asteriscurile triple indică p <0,001. A se vedea, de asemenea, Figurile suplimentare S1 – S3 .

Un fișier extern care conține o imagine, ilustrare etc. Numele obiectului este 41598_2019_42183_Fig2_HTML.jpg

Categoria de diagnostic CARS și SRS pentru ASD la momentul inițial, la 8 săptămâni de la tratament și urmărirea a doi ani după oprirea tratamentului. a ) Pentru CARS, Simptome Minime până la Nici (15–29,5 pentru vârste sub 13; 15–27,5 pentru vârstele 13 sau mai mari), Simptome ușoare până la moderate (30–36,5 pentru vârste mai mici de 13; 28– 34,5 pentru vârstele de 13 ani sau la ordin) și Simptomele Sever (37 și mai mari pentru vârstele mai mici de 13; 35 și mai mari pentru vârsta de 13 ani sau pentru ordine) 54 . b ) Pentru SRS, Autism normal (0–53), Autism ușor sau cu funcționare înaltă (54–86), Diagnostic clinic de tulburare autistă, tulburare Asperger sau cazuri mai severe de tulburare de dezvoltare nervoasă care nu sunt specificate altfel (PDD-NOS) ( > 87) 55 . c – g ) Corelații puternice și semnificative între îmbunătățirile simptomelor GI (GSRS) și simptomele de comportament bazate pe% modificări în 2 ani.

În general, cele mai substanțiale îmbunătățiri observate au fost evaluările CARS, care au fost efectuate de un evaluator profesionist și sunt mai puțin sensibile la efectul placebo 20 . CARS este un instrument de diagnostic stabil și consistent, cu o mare validitate predictivă 21 și a fost utilizat pentru a evalua participanții înainte și după intervențiile terapeutice în multiple studii 20 , 22 , 23 . Pentru CARS de urmărire, evaluatorul a colectat informații curente pe baza criteriilor unice ale fiecărei întrebări. După ce interviul a fost complet pentru fiecare întrebare, evaluatorul a examinat informațiile colectate inițial la baza de referință și a folosit-o pentru calibrarea evaluării finale.

Îmbunătățirile simptomelor GI și ASD au fost corelate în mod semnificativ

Am efectuat analize statistice pentru a evalua dacă îmbunătățirile gravității GI și a ASD au fost corelate. Așa cum se arată în Fig. 2c – e , modificările procentuale în scorurile CARS, SRS și ABC au fost corelate pozitiv cu modificările procentuale în scorurile GSRS (testul de corelație Spearman, p -2-tailed p <0,005 și r> 0,7), ceea ce implică o scutire de GI. prin MTT poate ameliora severitatea comportamentală la copiii cu TSA, sau invers, sau că ambii pot fi afectați în mod similar de un alt factor. O altă evaluare a GI, DSR, a arătat însă că nu a existat o corelație semnificativă. Deși direcția influenței nu este clară, o legătură clinică potențială între GI și severitatea comportamentului este în concordanță cu studiile anterioare raportate 24 , 25 .

Diversitatea bacteriană fecală ASD a fost mai mare la doi ani de la oprirea MTT

16 din 18 participanți originali la ASD au furnizat un eșantion suplimentar de fecali la doi ani de la studiul open-label. Pe baza analizei de secvențiere a amplificării genice a ARN ribozomal (rRNA) 16S, majoritatea participanților au menținut o diversitate mai mare de microbiota intestinală la doi ani după tratamentul comparativ cu valoarea de bază. Interesant, pentru mulți indivizi, diversitatea bacteriană a fost mai mare la doi ani decât în ​​săptămâna 18, urmată de măsurarea diversității filogenetice a credinței (Fig. 3a și Fig. Suplimentară S4a ) și OTU-urilor observate (Fig. S5a suplimentară ). Având în vedere diversitatea bacteriană intestinală scăzută la persoanele cu ASD 26 și alte tulburări umane 27 – 29 , o creștere a diversității după MTT poate reflecta faptul că intervenția MTT a transformat cu succes mediul intestinal într-un statut mai sănătos și a dus la un beneficiu pe termen lung asupra GI și simptomelor de comportament. .

Un fișier extern care conține o imagine, ilustrare etc. Numele obiectului este 41598_2019_42183_Fig3_HTML.jpg

Evaluările microbiotelor în scaune la urmărirea a doi ani după oprirea tratamentului. a ) Diversitatea filogenetică (PD) a credinței în microbiota a 18 copii cu ASD, măsurată din probe de scaun. Liniile portocalii indică PD median al eșantioanelor donator ( linia punctată reprezintă probele inițiale ale donatorului ( n = 5), iar linia punctată reprezintă probe de doză de întreținere ( n = 2)), iar linia verde indică PD mediană a 20 de controale neurotipice la săptămâna 0. ns indică faptul că nu este semnificativ, asteriscul unic indică p <0,05, asteriscurile duble indică p <0,01, asteriscurile triple indică p <0,001 (testul de rang semnat Wilcoxon cu două cozi comparand săptămânile 3, 10 și 18 și de la doi ani la săptămâna 0 ). b ) distanțele UniFrac neponderale între microbiota intestinală ASD și cea mai relevantă probă de donator (eșantion inițial de donator la săptămânile 0 și 3, cea mai recentă probă de doză de întreținere la săptămânile 10 și 18 și la 2 ani). Linia verde indică variația interpersonală mediană între controalele neurotipice și ilustrează că, înainte de tratament, diferența de compoziție a microbiotei intestinale între receptorii MTT și donatori a fost de ordinul variației interpersonale normale. Statisticile sunt aceleași cu cele utilizate la litera ( a ). A se vedea, de asemenea, figurile suplimentare S5 și S6 .

După finalizarea tratamentului MTT inițial, am observat că distanța 30 neuniformă UniFrac între microbiota intestinală a receptorilor MTT și donatorii lor corespunzători a fost mai mică decât înaintea tratamentului, sugerând o anumită grefare a microbiomului donator în receptori de MTT 19 . Interesant este că, la doi ani de la proces, beneficiarii au fost la fel de diferiți de microbiomul donator, precum au fost tratamentul prealabil măsurat prin distanța UniFrac neponderată (Fig. 3b , Fig. Suplimentară S4b ) și alte câteva metrici ale disimilarității comunității (Fig. Suplimentară Fig. S5b – e ). Acest lucru sugerează că destinatarii nu au păstrat complet microbiomul donat, ci au păstrat mai degrabă unele caracteristici ale acestuia, precum creșterea diversității generale și o creștere a unor microbi importanți, cum ar fi Prevotella , în timp ce au găsit un nou stat.

Abundențele relative ale Bifidobacterium și Prevotella au rămas mai mari în materiile fecale ale participanților cu ASD la doi ani după ce MTT s-a oprit

Trei taxoni care au fost îmbunătățiți în mod vizibil la beneficiarii de MTT la încheierea studiului clinic inițial 19 au fost revizuiți în timpul urmăririi de doi ani. În special, comparativ cu valoarea de bază, abundențele medii relative de Bifidobacterii și Prevotella au crescut de 4 ori și de 712 ori la săptămâna 10, respectiv de 5 ori și 84 de ori la doi ani, respectiv (Fig. 4a, b ). Abundența relativă a Desulfobivrio a scăzut începând cu săptămâna 18 (Fig. 4c ), dar la urmărirea de doi ani a fost încă marginal mai mare comparativ cu valoarea de bază (testul de rang semnat Wilcoxon cu două cozi, p = 0,07) și mai mare decât controalele neurotipice (două -testat testul Mann-Whitney U, p <0,05). Este de remarcat o creștere a Prevotella după MTT, deoarece abundența sa mai scăzută în materiile fecale ale copiilor cu TSA comparativ cu copiii neurotipici a fost confirmată în două coorte 26 , 31 . Un studiu recent a găsit, de asemenea, niveluri reduse de Prevotella în microbiomul oral al copiilor cu ASD 32 . Prevotella poate fi implicată în producerea butiratului 33 , un element nutritiv cheie pentru celulele epiteliale intestinale 34 . În plus, co-apariția sa cu Desulfovibrio poate reflecta un avantaj sinergic de a depăși alți microbi comensali care utilizează mucina ca nutrienți 35 , deși este nevoie de mai multe cercetări cu privire la modul în care nișa lor ecologică în desulfarea mucinei ar putea contribui la o integritate a celulelor epiteliale intestinale 36 ca precum și la îmbunătățirea simptomelor GI și ale comportamentului pe care le-am observat. Studii mecanice suplimentare cu abordări multi-omice sunt justificate pentru a defini rolurile Prevotella și Desulfovibrio în contextul autismului.

Un fișier extern care conține o imagine, ilustrare etc. Numele obiectului este 41598_2019_42183_Fig4_HTML.jpg

Modificări ale abundențelor relative de Bifidobacterium , Prevotella și Desulfovibrio . ns indică faptul că nu este semnificativ, asteriscul unic indică p <0,05 și asteriscurile duble indică p <0,01 (testul de rang semnat Wilcoxon cu două cozi, care compară valorile săptămânilor 3, 10 și 8 și doi ani la săptămâna 0). Liniile portocalii indică mediana probelor donatorului ( linia punctată reprezintă eșantioanele inițiale ale donatorului, iar linia punctată reprezintă probele dozei de întreținere), iar linia verde indică mediana a 20 de controale neurotipice la săptămâna 0.

Cercetări suplimentare cu un braț de control placebo sunt justificate

Din câte știm, studiile de urmărire pe termen lung sunt rare pentru tratamentul medical al persoanelor cu TSA. În tratamentele cu vancomicină 37 sau cu sulforafanul 38 fitochimic, beneficiile s-au pierdut în două sau patru săptămâni, respectiv, de întreruperea tratamentelor. Astfel, beneficiile pe termen lung observate aici la doi ani de la oprirea MTT sunt foarte încurajatoare, iar transformarea microbiotei intestinale condusă de MTT pare robustă și de lungă durată pentru tratamentul TSA. În ciuda îmbunătățirii constante și continue a comportamentelor pe parcursul a doi ani, trebuie să subliniem că studiul clinic inițial și studiul actual de urmărire sunt studii deschise, fără control pentru efectul placebo. Simptomele de autism sunt relativ stabile în timp, fără o intervenție majoră: de exemplu, un studiu de traiectorie cu 345 de copii cu TSA a arătat că mai mult de 80% dintre participanții cu TSA au păstrat gravitatea neașteptat de gravă a simptomelor de la 8 la 12 ani 39 . Observațiile VABS indică faptul că îmbunătățirile comportamentelor adaptative observate aici au fost în mod substanțial mai mult decât era de așteptat la copiii cu TSA, peste doi ani. O limitare a acestui studiu este că 12 din 18 participanți au făcut una sau mai multe modificări la medicamentele, suplimentele nutritive și dietele lor între sfârșitul studiului MTT inițial și urmărirea de doi ani de la încetarea tratamentului (Tabelul suplimentar S1 ). Așa cum s-a descris în detaliu în secțiunea de metode, participanților li sa solicitat să evalueze eficacitatea percepută pe simptomele GI și ASD (pe o scară de la 0 la 4) cauzate de modificările medicamentelor, dietelor sau suplimentelor nutritive. Deși scala de eficiență percepută este încă subiectivă și dificil de interpretat, scorurile scăzute primite (1,1 pentru GI și 0,8 pentru simptomele ASD) sugerează că aceste tratamente în medie ar putea avea doar „efect ușor”. Astfel, se pare că majoritatea modificărilor observate s-au datorat probabil MTT, deși avem încă nevoie de studii de urmărire pentru a înțelege dacă îmbunătățirea MTT a fost exclusiv de la vancomicină, MoviPrep, Prilosec, Microbiota umană standardizată (SHGM) sau o combinație a acestor factori individuali. De exemplu, unii participanți la studiul nostru ar putea avea simptome de GI care au caracter acid-peptic, iar îmbunătățirile lor asupra simptomelor GI pot fi atribuite exclusiv administrării de supresant a stomacului (Prilosec) 40 . Ipotezăm că MTT poate fi benefică și pentru copiii cu TSA care nu prezintă simptome evidente ale GI, dar au o diversitate scăzută a bacteriilor intestinale, deoarece studiul nostru anterior 26 a constatat că majoritatea copiilor cu TSA au o diversitate bacteriană intestinală scăzută, indiferent dacă au GI Probleme.

Aici, am dori, de asemenea, să abordăm o potențială limitare a studiului care să interpreteze îmbunătățirea simptomelor GI după MTT, deoarece aceste simptome eterogene de GI ar putea reflecta o gamă largă de patologii etiologice subiacente. Deși am analizat istoriile medicale pentru a exclude copiii cu diagnostice gastrointestinale cunoscute (cum ar fi colita ulceroasă, boala Crohn, boala celiacă, gastrită eozinofilică sau afecțiuni similare) 19 , nu am efectuat evaluări diagnostice suplimentare ale GI, ceea ce reprezintă o limitare a acestui studiu. Astfel, dorim să subliniem necesitatea studiilor de urmărire care să includă o examinare mai detaliată a patologiilor GI ale participanților, pentru a înțelege mai bine eficacitatea MTT.

concluzii

În rezumat, toți cei 18 participanți cu ASD au fost reevaluate la doi ani după ce tratamentul MTT s-a oprit și am observat îmbunătățiri semnificative atât în ​​cazul simptomelor GI și a simptomelor de comportament, comparativ cu măsurătorile de referință colectate la începutul studiului inițial deschis. Beneficiile GI au fost menținute în cea mai mare parte de la sfârșitul tratamentului, iar simptomele autismului s-au raportat să se îmbunătățească semnificativ de la sfârșitul tratamentului. Modificările microbiotei intestinale au persistat la doi ani, inclusiv în diversitatea generală a comunității și abundențele relative de Bifidobacterii și Prevotella . Aceste observații încurajatoare demonstrează că intervenția intensă MTT este o terapie promițătoare pentru tratarea copiilor cu TSA care au probleme cu GI. Vă recomandăm cercetări viitoare, inclusiv studii randomizate dublu-orb, controlate cu placebo, cu o cohortă mai mare.

metode

Aprobarea eticii și consimțământul de participare

Protocolul pentru studiul de tratament inițial a fost aprobat de FDA (numărul de medicamente de investigație 15886) și de Institutional Review Board din Arizona State University (ASU IRB Protocol #: 00001053), așa cum este descris în Kang și colab . 19 . Toate metodele de cercetare au fost efectuate în conformitate cu orientările și reglementările relevante. Pentru studiul de urmărire descris în acest articol, un IRB protocol a fost aprobat de către IRB din Arizona State University (ASU IRB Protocol # 00004890). Studiul de urmărire a fost deschis doar celor 18 copii cu TSA care au participat la studiul inițial de faza 1 și nu a fost aplicat niciun criteriu suplimentar de includere sau excludere la ceea ce am angajat în studiul inițial 19 . Pentru procesul de consimțământ, am contactat participanții din trecut și părinții lor și le-am explicat detaliat studiul prin telefon și / sau e-mail și le-am furnizat o copie a formularului de autorizare a părinților și a formularului de consimțământ pentru copii. După procesul de consimțământ informat, toate cele 18 familii au fost de acord să participe și au semnat permisele și formularele de aviz scris ale părinților. Am păstrat confidențialitatea rezultatelor participanților prin desidentificarea tuturor eșantioanelor pentru analizele întregi. Numele și identificatorii participantului au fost eliminați și nu au fost folosiți în toate secțiunile manuscrisului, inclusiv în informații suplimentare. Procesul a fost înregistrat la ClinicalTrials.gov ( NCT02504554 ) la 30 martie 2015 .

Obiectivul studiului

Scopul studiului a fost să efectueze o monitorizare de 2 ani asupra copiilor cu TSA care au participat la studiul inițial și să determine siguranța și eficacitatea pe termen lung a terapiei de transfer microbian (MTT). Pe scurt, studiul anterior a fost conceput pentru a efectua un studiu clinic open-label pentru copii cu ASD și cu probleme de GI moderate până la severe (vârste între 7 și 17 ani) 19 . Optzeci de copii au fost înscriși în studiul anterior și tratați cu o combinație de vancomicină (pentru a reduce bacteriile patogene) timp de 2 săptămâni, MoviPrep (o curățare a intestinului pentru a elimina vancomicina și bacteriile rămase), Prilosec (un inhibitor al pompei de protoni pentru a reduce aciditatea stomacului și pentru a crește rata de supraviețuire a dozelor mari și de întreținere de SHGM) și Microbiota umană normalizată (bacterii intestinale de la donatori sănătoși) timp de 7–8 săptămâni 41 . Participanții au fost monitorizați în timpul celor 10 săptămâni de tratament și din nou la 8 săptămâni după ce MTT s-a oprit. Nu au existat efecte adverse majore și toți cei 18 participanți au finalizat studiul. Majoritatea copiilor au avut o reducere substanțială a simptomelor GI și ASD, iar aceste îmbunătățiri au rămas la urmărirea la 8 săptămâni după încheierea tratamentului. Informații suplimentare despre proiectarea și rezultatele studiului anterior sunt descrise în Kang și colab . 19 . În acest studiu actual, am urmărit participanții trecuți la aproximativ 2 ani de la oprirea tratamentului și am solicitat părinților să colecteze un eșantion de scaun de la copilul lor pentru a investiga modificările compoziției bacteriene. După încheierea studiului, 6 participanți nu au făcut nicio modificare în tratamentele lor pentru următorii doi ani, iar 12 participanți au făcut una sau mai multe modificări (Tabelul suplimentar S1 ). Modificările (și numărul de participanți care efectuează aceste modificări) au inclus modificări dietetice (dieta fără gluten / fără cazeină (1), dieta ketogenă (1) și eliminarea ouălor (1)), tratamente GI (citrat de magneziu (2)) , enzime digestive (1), dulcolax (1), enteragam (1), probiotice (2)), modificări ale medicamentelor (Abilify (1), controlul nașterii (1), IVIG (1), Lamictal (1), litiu (1) ), Tenex (1), tiroida (1) și Vyvanse (1) și suplimente nutritive (aminoacizi (1), multivitamine (2), iaurt Bravo (1), citrulină (1), ulei de pește (1), GABA (1), l-teanina (1), magneziu (1), Oraimmune (1) și Rerum (1). Participanții au fost solicitați să evalueze eficacitatea percepută a fiecărui tratament pe o scară de la 0 la 4 atât pentru GI cât și pentru Simptome ASD, unde 0 = „Fără efect”, 1 = „Beneficiu ușor”, 2 = „Beneficiu moderat”, 3 = „Beneficiu bun” și 4 = „Beneficiu mare”.

Evaluări ale simptomelor gastro-intestinale și legate de autism

Pentru a fi în concordanță cu evaluările anterioare 19 , am evaluat simptomele GI utilizând o versiune revizuită a Scalei de evaluare a simptomelor gastro-intestinale (GSRS) care folosește scara Likert în 7 puncte 42 în 5 domenii: Durere abdominală, Reflux, Indigestie, Diaree și constipație. De asemenea, am colectat Daily Stool Records (DSR), care evaluează scaunul folosind scala Bristol Stool Form (1 = foarte tare, 7 = lichid) peste 14 zile. Pentru evaluările autismului și ale simptomelor aferente, am utilizat, de asemenea, aceleași evaluări pe care le-am folosit în studiul anterior, incluzând Parent Global Impressions – III (PGI-III) 43 , Scala de evaluare a autismului în copilărie (CARS), Lista de verificare a comportamentului aberant ( ABC), Scala de receptivitate socială (SRS) și Scala II de comportament adaptiv Vineland (VABS-II). Evaluarea CARS a fost realizată de același evaluator profesionist care a efectuat evaluarea CARS anterioară, iar părinții au evaluat GSRS, DSR, PGI-III, ABC, SRS și VABS-II la aproximativ 2 ani de la oprirea terapiei.

Extracția ADN-ului microbian și secvențierea generației următoare

Pentru a fi în concordanță cu lucrările anterioare din Kang et al . 19 , am folosit același test de extracție ADN, pregătirea bibliotecii și metode de secvențiere.Am extras ADN-ul genomic microbian din probele de scaun folosind un kit de izolare ADN PowerSoil ® (Mobio Carlsbard, CA) și am construit o bibliotecă 16S rRNA pentru platforma MiSeq Illumina conform protocolului de la Earth Microbiome Project ( http://www.earthmicrobiome.org/protocols -si-standarde / 16s / ). Setul de grunduri codate cu baruri 515f -806r a fost utilizat pentru secvențiere în pereche, pentru a ținta regiunea 44 ARNr V4 44 . Pregătirea bibliotecii și lucrările de secvențiere au fost efectuate la Laboratorul de Analiză Microbiome din Biodesign Institute of Arizona State University ( http://krajmalnik.environmentalbiotechnology.org/microbiome-lab.html ).

Bioinformatica microbiomului

Datele genei 16S ARNr din rularea noastră de secvențare anterioară au fost generate din patru rulări Illumina MiSeq, iar datele de urmărire (noi pentru acest studiu) au fost secvențiate pe o singură execuție MiSeq. Pentru a asigura prelucrarea consecventă pe toate aceste rulaje și pentru a permite utilizarea celor mai recente metode bioinformatice pentru analiza microbiomului, am procesat toate cele cinci rulări de secvențiere într-o singură analiză QIIME 2 45 .

Analizele au fost efectuate doar pe citirile înainte, pentru a reține cât mai multe secvențe posibile (adică pentru a nu arunca secvențele în care citirile înainte și invers nu au putut fi unite). Controlul calității secvenței a fost efectuat cu două conducte diferite de procesare, ambele implementate în QIIME 2.

Prima conductă de procesare a utilizat DADA2 46prin pluginul q2-dada2 QIIME 2 (vom face referire la acesta ca conductă DADA2). În conducta DADA2, primele 10 baze au fost tăiate din citiri și citirile au fost trunchiate la 150 de baze înainte de prelucrarea cu metoda unică dada2, așa cum recomandă autorii DADA2. Toți ceilalți parametri DADA2 au rămas cu setările lor implicite. DADA2 a fost rulat pe o bază de rulare per-secvențiere folosind aceiași parametri pentru toate rulările DADA2. Tabelele de caracteristici rezultate au fost îmbinate, astfel încât am avut o „tabelă de caracteristici” master care conține numărați de caracteristici pe o bază de probă, în care caracteristicile noastre erau variante unice de secvență genică 16S rRNA. „Secvența caracteristică” care a definit fiecare caracteristică a fost varianta unică de secvență genică 16S rRNA. Rezultatele analizei microbiome bazate pe această conductă de procesare sunt prezentate în Fig. 3 ,, 44 și suplimentar Figurile S4 , S5 .

A doua conductă de prelucrare a utilizat abordarea de filtrare a calității descrisă în Bokulich și colab . 47, astfel cum a fost implementat în pluginul q2-quality-filter folosind o calitate mină de 20 (toți ceilalți parametri au fost valorile implicite). Ne vom referi la această conductă ca conductă Q20. Citirile de secvență au fost apoi grupate în 97% OTU folosind o selecție OTU de referință deschisă, așa cum a fost implementată în pluginul q2-vsearch (care folosește vsearch 48pentru clustering). Din nou, am avut un „tabel de caracteristici” conținând numărați de caracteristici pe bază de probă, unde în acest caz funcțiile noastre au fost 97% OTU. „Secvența de caracteristici” care a definit fiecare caracteristică a fost secvența centroidă OTU. Ca o etapă suplimentară de control al calității, funcțiile care au fost observate doar într-un singur eșantion și caracteristici care nu au putut fi atribuite unui filon în baza de date Silva 49 (descrise mai jos) au fost filtrate din tabelul de caracteristici. Rezultatele analizei microbiomului bazate pe această conductă de prelucrare sunt prezentate în Fig. S6 suplimentară .

După ambele conducte DADA2 și Q20, secvențele de caracteristici au fost aliniate cu mafft 50 (înfășurat în pluginul de aliniere q2), pozițiile de entropie ridicate au fost filtrate de la alinierea rezultată 51 , un arbore dezgropat a fost construit cu FastTree 52 (învelit în q2- plugin filogenie) și arborele a fost înrădăcinat folosind înrădăcinarea punctului mijlociu. Taxonomia a fost alocată fiecărei secvențe de caracteristici în baza bazei de date Silva 119, folosind un clasificator Naïve Bayes implementat în pluginul q2-feature-classifier 53 . Tabelele de caracteristici au fost rarefiate la 5.298 de secvențe pe eșantion și valorile diversității au fost calculate folosind pluginul de diversitate q2.

Pentru detalii complete despre metodele de bioinformatică, inclusiv versiunile tuturor software-urilor și dependențelor și toate comenzile și setările parametrilor, cititorii pot vizualiza datele de proveniență conținute în fișierul suplimentar S1. Aceste informații pot fi vizualizate vizual la https://view.qiime2.org .

Valorile specifice ale bogăției microbiomului și valorile distanței sunt diferite între conductele de bioinformatică DADA2 și Q20. De exemplu, diversitatea filogenetică a Faith este considerabil mai mică cu conducta DADA2, probabil pentru că face o treabă mult mai bună la controlul calității secvenței brute (așa cum este descris în lucrarea originală DADA2). În ciuda acestui fapt, este încurajator să observăm că diferitele conducte de control al calității și definirea caracteristicilor ilustrează aceleași tendințe în compoziția și bogăția microbiomului.

analize statistice

Am asumat datele ca fiind distribuite în mod normal, din cauza unei dimensiuni relativ mici a eșantionului și am efectuat analize nonparametrice ale testului U Mann-Whitney, testul de rang semnat Wilcoxon și testul de corelație Spearman. Am raportat toate valorile p din testele cu două cozi și am acceptat valori p mai mici de 0,05 ca fiind semnificative. Pentru casetele din figurile 1 , 33 și and4,4 , linia transversală în caseta indică valori mediane , iar fundul și marginile de sus ale cutiei indică 25 – lea și 75 – lea percentiles ale eșantionului.

Informatie suplimentara

Recunoasteri

Mulțumim cu recunoștință tuturor copiilor cu TSA și familiilor lor pentru participarea la studiul de urmărire. Dorim să mulțumim lui Thomas Borody, Alexander Khoruts, Michael J. Sadowsky și Alessio Fasano pentru ajutorul acordat pentru partea de tratament a studiului și, de asemenea, pentru ajutorul acordat cu aplicația și studiul inițial de investigație New Drug (IND). Mulțumim Finch Therapeutics (fosta Crestovo) pentru furnizarea de Microbiota umană standardizată pentru studiu. De asemenea, mulțumim Carole Flores pentru asistența de editare. Această lucrare a fost susținută de Finch Therapeutics și Arizona Board of Regents.

Contribuții ale autorului

D.-WK, JBA și RKB au conceput studiul, au scris propunerea de finanțare. D.-WK, JBA, DC și coordonat studiul. JBA, DC, SM-M. și ELP a adunat datele clinice. D.-WK, JM și JGC au procesat biosamplele și au efectuat achiziția de date. D.-WK, JBA, JM, DC, JGC și RKB au efectuat analiza și au interpretat datele. D.-WK, JBA și RKB au scris lucrarea principală, iar JGC, JM, SM-M., ELP, au revizuit manuscrisul. Toți autorii au citit și au aprobat manuscrisul final.

Disponibilitatea datelor

Citirea secvenței de gene 16S rRNA este disponibilă în depozitul de date cu secvență deschisă „Qiita” cu numărul de identificare al studiului 10532 ( https://qiita.ucsd.edu ) și NCBI SRA sub ID-ul BioProject PRJNA529598. Pentru detalii despre obținerea și instalarea QIIME 2, consultați https://qiime2.org . QIIME 2 este open source și gratuit pentru orice utilizare. Analizele prezentate în Fig. 3 și Figurile suplimentare S4 – S6 au fost efectuate utilizând Notebook Jupyter. Aceste caiete sunt disponibile pe https://github.com/caporaso-lab/autism-fmt1 .

notițe

Interesele concurente

JBA, D.-WK și RKB au brevete în curs de aprobare / aprobate legate de utilizarea FMT și / sau probiotice pentru diferite afecțiuni, inclusiv autism (Numărul cererii: 14 / 403.425 (aprobat și activ); 15/290798 (în așteptare)). JBA, RKB și D.-WK au primit finanțare pentru cercetare de la Crestovo / Finch Therapeutics pentru cercetarea FMT. JBA, RKB și JGC au primit taxe de consultanță de la Crestovo. Ceilalți autori nu declară interese concurente.

Note de subsol

Nota editorului: Springer Nature rămâne neutru în ceea ce privește revendicările jurisdicționale din hărțile publicate și filialele instituționale.

Informatie suplimentara

Informații suplimentare însoțesc această lucrare la 10.1038 / s41598-019-42183-0.

Referințe

1. Rogers GB și colab. De la disbioza intestinală la modificarea funcției creierului și a bolilor mintale: mecanisme și căi. Psihiatrie moleculară. 2016; 21 : 738–748. doi: 10.1038 / mp.2016.50. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
2. Sharon G, Sampson TR, Geschwind DH, Mazmanian SK. Sistemul nervos central și microbiomul intestinal. Cell. 2016; 167 : 915–932. doi: 10.1016 / j.cell.2016.10.027. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
3. McElhanon, BO, McCracken, C., Karpen, S. & Sharp, WG Simptome gastrointestinale în tulburarea spectrului de autism: o meta-analiză. Pediatrie 133 , 10.1542 / peds.2013-3995 (2014). PubMed ]
4. Braak H, Rub U, Gai WP, Del Tredici K. Boala Parkinson idiopatică: posibile rute prin care tipurile neuronale vulnerabile pot fi supuse neuroinvaziei de către un agent patogen necunoscut. Journal of Neural Transmission. 2003; 110 : 517–536. doi: 10.1007 / s00702-002-0808-2. PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
5. McCarthy M, AddingtonHall J, Altmann D. Experiența morții cu demență: Un studiu retrospectiv. Revista internațională de psihiatrie geriatrică. 1997; 12 : 404–409. doi: 10.1002 / (SICI) 1099-1166 (199703) 12: 3 <404 :: AID-GPS529> 3.0.CO; 2-2. PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
6. Hallmayer J, și colab. Eritabilitate genetică și factori de mediu împărtășiți între perechi gemene cu autism. Arhivele de psihiatrie generală. 2011; 68 : 1095-1102. doi: 10.1001 / archgenpsihiatrie.2011.76. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
7. Finegold SM și colab. Studiul pirosecvențării microflorei fecale a copiilor cu autism și control. Anaerob. 2010; 16 : 444–453. doi: 10.1016 / j.anaerobe.2010.06.008. PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
8. De Angelis M și colab. Microbiota fecală și metabolomul copiilor cu autism și tulburări de dezvoltare omniprezentă nu sunt specificate altfel. Plus unu. 2013; 8 : 18. doi: 10.1371 / journal.pone.0076993. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
9. Williams BL, Hornig M, Parekh T, Lipkin WI. Aplicarea de noi metode bazate pe PCR pentru detectarea, cuantificarea și caracterizarea filogenetică a speciilor Sutterella în probele de biopsie intestinală de la copii cu autism și tulburări gastro-intestinale. MBio. 2012; 3 : e00261–11. doi: 10.1128 / mBio.00261-11. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
10. Gondalia SV, și colab. Caracterizarea moleculară a microbiotei gastrointestinale a copiilor cu autism (cu și fără disfuncții gastrointestinale) și a fraților lor neurotipici. Cercetarea autismului. 2012; 5 : 419–427. doi: 10.1002 / aur.1253. PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
11. Fiul JS și colab. Comparația microbiotei fecale la copiii cu tulburări ale spectrului autismului și fraților neurotipici în solulitatea Simons simplex. Plus unu. 2015; 10 : e0137725. doi: 10.1371 / journal.pone.0137725. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
12. Hsiao EY și colab. Microbiota modulează anomalii comportamentale și fiziologice asociate tulburărilor de neurodezvoltare. Cell. 2013; 155 : 1451–1463. doi: 10.1016 / j.cell.2013.11.024. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
13. Kim S, și colab. Bacteriile intestinale materne promovează anomalii neurodezvoltate la urmașii de șoarece. Natură. 2017; 549 : 528–532. doi: 10.1038 / nature23910. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
14. Buffington SA și colab. Reconstituirea microbiană inversează deficitul social și sinaptic indus de dieta maternă la urmași. Cell. 2016; 165 : 1762–1775. doi: 10.1016 / j.cell.2016.06.001. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
15. Lacivita E, Perrone R, Margari L, Leopoldo M. Ținte pentru terapia medicamentoasă pentru tulburarea spectrului de autism: provocări și direcții viitoare. Journal of Medicinal Chemistry. 2017; 60 : 9114–9141. doi: 10.1021 / acs.jmedchem.7b00965. PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
16. Bagdasarian N, Rao K, Malani PN. Diagnosticul și tratamentul Clostridium difficile la adulți, o revizuire sistematică. Jama-Journal al Asociației Medicale Americane. 2015; 313 : 398–408. doi: 10.1001 / jama.2014.17103. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
17. Moayyedi P și colab. Transplantul de microbiota fecală induce remisie la pacienții cu colită ulcerativă activă într-un studiu controlat randomizat. Gastroenterologie. 2015; 149 : 102–109. doi: 10.1053 / j.gastro.2015.04.001. PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
18. Xu MQ și colab. Transplantul de microbiote fecale își lărgește aplicarea dincolo de tulburările intestinale. Jurnalul Mondial de Gastroenterologie. 2015; 21 : 102–111. doi: 10.3748 / wjg.v21.i1.102. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
19. Kang DW și colab. Terapia de transfer microbiotă modifică ecosistemul intestinal și îmbunătățește simptomele gastro-intestinale și autism: un studiu deschis. Microbiome. 2017; 5 : 10. doi: 10.1186 / s40168-016-0225-7. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
20. Belsito KM, Law PA, Kirk KS, Landa RJ, Zimmerman AW. Terapia cu lamotrigină pentru tulburarea autistă: un studiu randomizat, dublu-orb, controlat cu placebo. Journal of Autism and Developmental Disorders. 2001; 31 : 175–181. doi: 10.1023 / a: 1010799115457. PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
21. Nah YH, Young RL, Brewer N. Utilizarea detecției autismului la vârsta timpurie a copilăriei (ADEC) și a scalei de evaluare a autismului în copilărie (CARS) pentru a prezice rezultatele pe termen lung la copiii cu tulburări ale spectrului de autism. Journal of Autism and Developmental Disorders. 2014; 44 : 2301–2310. doi: 10.1007 / s10803-014-2102-1. PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
22. Gattino GS, Riesgo RD, Longo D, Leite JCL, Faccini LS. Efectele terapiei muzicale relaționale asupra comunicării copiilor cu autism: un studiu controlat randomizat. Jurnalul Nordic de Musicoterapie. 2011; 20 : 142–154. doi: 10.1080 / 08098131.2011.566933. CrossRef ] Google Scholar ]
23. Saad K și colab. Studiu randomizat controlat al suplimentării cu vitamina D la copiii cu tulburări din spectrul autismului. Revista de psihologie și psihiatrie a copilului. 2018; 59 : 20–29. doi: 10.1111 / jcpp.12652. PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
24. Adams JB, Johansen LJ, Powell LD, Quig D, Rubin RA. Flora gastrointestinală și starea gastrointestinală la copiii cu autism-comparații cu copiii tipici și corelație cu gravitatea autismului. Bmc Gastroenterologie. 2011; 11 : 22. doi: 10.1186 / 1471-230x-11-22. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
25. Horvath K, JA permanentă. Tulburare autistă și boală gastro-intestinală. Opinia curentă în pediatrie. 2002; 14 : 583–587. doi: 10.1097 / 01.mop.0000030221.71203.46. PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
26. Kang DW și colab. Incidență redusă a Prevotella și a altor fermentatori în microflora intestinală a copiilor autiști. Plus unu. 2013; 8 : e68322. doi: 10.1371 / jurnal.pone.0068322. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
27. Ilhan ZE și colab. Microbiomi și metaboliți distincși legați de pierderea în greutate după bypass gastric, dar nu de bandaj gastric. Jurnalul Isme. 2017; 11 : 2047–2058. doi: 10.1038 / ismej.2017.71. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
28. Ahn J și colab. Microbiomul intestinului uman și risc pentru cancer colorectal. Jnci-Journal of the National Cancer Institute. 2013; 105 : 1907–1911. doi: 10.1093 / jnci / djt300. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
29. Ott SJ și colab. Reducerea diversității mucoasei colonice asociate microflorei bacteriene la pacienții cu boală inflamatorie intestinală activă. Intestin. 2004; 53 : 685–693. doi: 10.1136 / gut.2003.025403. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
30. Lozupone C, Knight R. UniFrac: o nouă metodă filogenetică pentru compararea comunităților microbiene. Aplicat și Microbiologie de mediu. 2005; 71 : 8228–8235. doi: 10.1128 / aem.71.12.8228-8235.2005. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
31. Kang DW și colab. Diferențe în metaboliții microbieni fecali și microbiota copiilor cu tulburări ale spectrului de autism. Anaerob. 2017; 49 : 121–131. doi: 10.1016 / j.anaerobe.2017.12.007. PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
32. Qiao YA și colab. Alterarea microbiotei orale disting copiii cu tulburări ale spectrului de autism de controalele sănătoase. Rapoarte științifice. 2018; 8 : 12 doi: 10.1038 / s41598-018-19982-an. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
33. Esquivel-Elizondo S, Ilhan ZE, Garcia-Pena EI, Krajmalnik-Brown R. Informații despre producția de butirat într-un sistem de fermentație controlată prin intermediul predicțiilor genice. mSystems. 2017; 2 : 13 doi: 10.1128 / mSystems.00051-17. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
34. Donohoe DR și colab. Microbiomul și butiratul reglează metabolismul energetic și autofagia la nivelul colonului mamifer. Metabolism celular. 2011; 13 : 517–526. doi: 10.1016 / j.cmet.2011.02.018. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
35. Arumugam M și colab. Enterotipuri ale microbiomului intestinului uman. Natură. 2011; 473 : 174–180. doi: 10.1038 / nature09944. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
36. Derrien M și colab. Interacțiuni mucino-bacteriene în cavitatea orală umană și tractul digestiv. Microbi Gut. 2010; 1 : 254–268. doi: 10.4161 / gmic.1.4.12778. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
37. Sandler RH și colab. Beneficiu pe termen scurt de tratament cu vancomicină orală a autismului cu regresie. Journal of Child Neurology. 2000; 15 : 429–435. doi: 10.1177 / 088307380001500701. PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
38. Singh K și colab. Tratamentul cu sulfora din tulburarea spectrului de autism (ASD) Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2014; 111 : 15550–15555. doi: 10.1073 / pnas.1416940111. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
39. Gotham K, Pickles A, Lord C. Trajectorii ale gravității autismului la copii folosind scoruri ADOS standardizate. Pediatrie. 2012; 130 : E1278 – E1284. doi: 10.1542 / peds.2011-3668. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
40. Jain KS și colab. Progresele recente ale inhibitorilor pompei de protoni și gestionarea afecțiunilor acid-peptice. Chimie bioorganică și medicamentală. 2007; 15 : 1181–1205. doi: 10.1016 / j.bmc.2006.07.068. PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
41. Hamilton MJ, Weingarden AR, Sadowsky MJ, Khoruts A. Pregătire înghețată standardizată pentru transplantul microbiotei fecale pentru infecția recurentă cu Clostridium difficile. Am J Gastroenterol. 2012; 107 : 761–767. doi: 10.1038 / ajg.2011.482. PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
42. Revicki DA, Wood M, Wiklund I, Crawley J. Fiabilitatea și validitatea scării de evaluare a simptomelor gastro-intestinale la pacienții cu boală de reflux gastroesofagian. Cercetarea calității vieții. 1997; 7 : 75–83. doi: 10.1023 / A: 1008841022998. PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
43. Adams, JB și colab . Efectul unui supliment de vitamine / minerale asupra copiilor și adulților cu autism. BMC Pediatr 11 , 10.1186 / 1471-2431-11-111 (2011). Articol gratuit PMC ] [ PubMed ]
44. Caporaso JG și colab. Analiza comunității microbiene cu un randament foarte mare pe platformele Illumina HiSeq și MiSeq. Jurnalul Isme. 2012; 6 : 1621–1624. doi: 10.1038 / ismej.2012.8. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
45. Caporaso JG și colab. QIIME permite analiza datelor de secvențiere a comunității cu randament ridicat. Metode ale naturii. 2010; 7 : 335–336. doi: 10.1038 / nmeth.f.303. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
46. Callahan BJ și colab. DADA2: Inferență de eșantion de înaltă rezoluție de la datele de la Illumina amplicon. Metode ale naturii. 2016; 13 : 581–583. doi: 10.1038 / nmeth.3869. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
47. Bokulich NA și colab. Filtrarea calității îmbunătățește considerabil estimările diversității din secvențierea de amplicon Illumina. Metode ale naturii. 2013; 10 : 57–59. doi: 10.1038 / nmeth.2276. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
48. Rognes T, Flouri T, Nichols B, Quince C, Mahe F. VSEARCH: un instrument versatil open source pentru metagenomică. Peerj. 2016; 4 : e2584. doi: 10.7717 / peerj.2584. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
49. Quast C și colab. Proiectul bazei de date a genelor ARN ribozomal SILVA: procesare îmbunătățită a datelor și instrumente bazate pe web. Cercetarea acizilor nucleici. 2013; 41 : D590 – D596. doi: 10.1093 / nar / gks1219. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
50. Katoh K, Standley DM. Software-ul de aliniere cu secvențe multiple MAFFT Versiunea 7: Îmbunătățiri ale performanței și ale utilizabilității. Biologie moleculară și evoluție. 2013; 30 : 772–780. doi: 10.1093 / molbev / mst010. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
51. Lane, D. Tehnici de acid nucleic în sistematica bacteriană . 115–175 (John Wiley și Sons, 1991).
52. Preț MN, Dehal PS, Arkin AP. FastTree 2 arbori cu probabilitate maximă pentru alinieri mari. Plus unu. 2010; 5 : e9490. doi: 10.1371 / journal.pone.0009490. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
53. Bokulich NA și colab. Optimizarea clasificării taxonomice a secvențelor marker-genă amplicon cu plugin-ul Q2-Q -IME-clasifier. Microbiome. 2018; 6 : 90. doi: 10.1186 / s40168-018-0470-z. Articol gratuit PMC ] [ PubMed ] [ CrossRef ] Google Scholar ]
54. Schopler, E., Van Bourgondien, ME, Wellman, GJ & Love, SR Scala de evaluare a autismului în copilărie, (CARS2) . (WPS Torrance, CA, 2010).
55. Constantino, JN Scala de receptivitate socială (SRS) . (Servicii psihologice occidentale, 2005).

Articole din Rapoarte Științifice sunt furnizate aici prin amabilitatea Nature Publishing Group

Exprimati-va pararea!

Completează mai jos detaliile tale sau dă clic pe un icon pentru a te autentifica:

Logo WordPress.com

Comentezi folosind contul tău WordPress.com. Dezautentificare /  Schimbă )

Fotografie Google

Comentezi folosind contul tău Google. Dezautentificare /  Schimbă )

Poză Twitter

Comentezi folosind contul tău Twitter. Dezautentificare /  Schimbă )

Fotografie Facebook

Comentezi folosind contul tău Facebook. Dezautentificare /  Schimbă )

Conectare la %s

Acest site folosește Akismet pentru a reduce spamul. Află cum sunt procesate datele comentariilor tale.